Musashi débarque sur Dreamcast ! Après avoir vaincu Kojiro, son ennemi de toujours, Musashi décide de rejoindre sa bien aimée à Kyoto. Cependant, la ville est attaquée par des ninjas de provenance inconnue et ont enlevé Otsu et Musashi et/ou Suzume partent à sa recherche. Devenez un ninja maître en arts martiaux et venez à bout de toute une armée de ninjas qui se mettra en travers de votre route. Votre parcours sera semé d'obstacles mais vous pourrez compter sur votre grappin, kunai et pouvoirs spéciaux pour parvenir à vos fins. Vous pourrez également parcourir le jeu avec un ami sur un même écran.